Etwa 50 Jahre zuvor hatte hier in blutigen Kämpfen der Inka Túpac Yupanqui die Cañari-Indianer unterworfen. An der Stelle der Cañari-Siedlung Guapondelig wurde nun Tomebamba als religiöses und kulturelles Zentrum am Hauptweg von Cuzco nach Quito errichtet. Als 1547 die ersten spanischen Chronisten Tomebamba erreichten, lag die Stadt in Trümmern. Schuld daran war vermutlich der Inka-Erbfolgekrieg zwischen Huáscar und Atahualpa, bei dem sich die Cañari-Indianer auf die Seite des unterlegenen Huáscar gestellt hatten, worauf eine Strafexpedition des siegreichen Atahualpa folgte. Der deutsche Architekt Dr. Max Uhle entdeckte 1925 Grundmauern des Inka-Palastes Pumapungo und des Viracocha-Tempels. Auf den Grundmauern des Palastes befindet sich heute ein Museum der ecuadorianischen Zentralbank.