1902 stieß man in der maltesischen Stadt Paola beim Bau eines Hauses zufällig auf eine unterirdische Tempelanlage (Hypogeum). Diese erstreckt sich über mehr als drei Etagen und wurde von den Erbauern mit primitiven Werkzeugen 10,6 Meter tief in den Stein getrieben und über etwa 1300 Jahre erweitert. Die Gesamtfläche beträgt rund 500 m².

Anders als die anderen megalithischen Tempel von Malta ist das Hypogeum von Hal Saflieni ein Labyrinth vieler unterirdischer Gänge, Hallen und Nischen, teilweise mit ockerfarbenen Malereien geschmückt. Außer Altären und Opferkammern fand man viele Nischen, in denen etwa 7000 menschliche Skelette lagen; das Hypogeum ist auch der Fundort der berühmten Skulptur der "Schlafenden Priesterin", die heute in Maltas Archäologischen Museum besichtigt werden kann.

Frühere Hypothesen, dass das Hypogeum als eine Begräbnisstätte anzusehen ist, schienen Ende der 90er Jahre des letzten Jahrhunderts widerlegt worden zu sein, und man ging davon aus, dass es sich um eine sakrale Ritusanlage handelt. Die Tatsache, dass die Skelette (wie auch die meisten auf Malta gefundenen Skulpturen) so gut wie ausschließlich weiblichen Geschlechts sein sollten, führte dann zu der Annahme, dass es sich in dieser Zeit um die Kultur einer matriarchalischen Gesellschaft handelte, im Hypogeum dann Priesterinnen, Wahrsagerinnen usw. beigesetzt wurden. Aber auch diese Ansicht wurde wieder relativiert, eine allgemein akzeptierte Theorie gibt es noch nicht.